Trong các thực hành cao cấp được biết như “Mật điển”, thì các thiền giả sẽ hòa tan hình ảnh bình thường của họ về một cái “tôi” vững chắc, thường hằng, và quán tưởng mình trong sắc tướng của một yidam, hay Bổn tôn. Điều này đại diện cho một hay nhiều khía cạnh của một vị Phật giác ngộ viên mãn, chẳng hạn như ví dụ tương đối phổ biến về Đức Quán Thế Âm (Avalokiteshvara) như hiện thân của lòng bi. Các hành giả Mật tông sẽ tự quán tưởng mình trong sắc tướng của Đức Quán Thế Âm, và cảm thấy mình là hiện thân của lòng bi, giống như ngài. Bằng cách quán rằng mình đã có thể giúp đỡ tha nhân giống như vị Bổn tôn có thể thực hiện – trong khi cũng nhận thức là mình chưa đến mức độ đó – ta có thể tích tập nhân duyên cho thành tựu giác ngộ của mình một cách hữu hiệu.
Chư Bổn tôn sống trong những thế giới hoàn toàn thanh tịnh, được gọi là mạn đà la, với thuật ngữ “mạn đà la” không chỉ nói về môi trường của thế giới ấy, mà còn bao gồm chư vị an trụ trong đó. Các thế giới này hơi khác nhau, nhưng nói chung thì chúng gồm có một cung điện vuông được trang trí công phu, giữa một phong cảnh đẹp, được bao quanh bằng một hàng rào hình tròn, ngăn cản chướng ngại đối với việc hành thiền. Bổn tôn chính có thể là nam hay nữ, an trụ đơn độc hay có đôi, ngồi hoặc đứng ở vị trí trung tâm của cung điện. Vị này thường được hàng loạt các Bổn tôn khác bao quanh, và đôi khi, cũng có những Bổn tôn khác bên ngoài cung điện. Nhiều vị trong số các vị này có nhiều mặt và tay chân, và cầm nhiều loại pháp khí.Việc dấn thân vào pháp tu Mật tông cần có một lễ quán đảnh hay điểm đạo, [đọc thêm về các lễ điểm đạo ở đây], một buổi lễ tuyệt đẹp và công phu, do một đạo sư Mật tông hội đủ trình độ chủ trì. Trong lễ điểm đạo thì một bản vẽ hai chiều của một mạn đà la của vị Bổn tôn được bố trí gần vị đạo sư, thường được vẽ trên vải hay làm bằng cát, sau đó được đặt trong khung gỗ của một biểu tượng đơn giản về cung điện. Tuy nhiên, nếu như quán tưởng mạn đà la, thì mình luôn xem chúng như ba chiều. Trong buổi lễ, vị đạo sư sẽ truyền giới cho những người nhận lễ điểm đạo, và cho phép họ đi vào cung điện, khi mà họ quán rằng chính mình đang đi trong cung điện. Nhờ nhiều pháp quán tưởng khác nhau, cái gọi là những tiềm năng “Phật tánh” để đạt giác ngộ qua pháp tu này, sẽ được kích hoạt. Nếu như mạn đà la được kiến tạo bằng cát, thì những hạt cát sẽ được gom thành một tụ trong lễ bế mạc, đại diện cho lẽ vô thường, và được cúng dường trong nước.
Sau đó, những người nhận lễ điểm đạo sẽ được quán đảnh, để tự quán mình là các Bổn tôn và mạn đà la, như một phần trong pháp tu hàng ngày của họ. Mỗi một Bổn tôn và pháp khí mà vị này cầm trên tay đại diện cho điều gì liên quan đến công phu hành thiền. Ví dụ như sáu cánh tay của một Bổn tôn có thể đại diện cho Lục độ ba la mật, hay sáu hạnh hoàn hảo.Hành giả không chỉ quán họ là tất cả các nhân vật trong và ngoài cung điện, mà còn quán mình là cung điện, với các đặc điểm kiến trúc trong cung điện mạn đà la cũng đại diện cho những khía cạnh khác nhau của pháp thiền. Trong một số mạn đà la thì bốn bức tường có thể đại diện cho Tứ Diệu Đế, trong khi cung điện có hình vuông, với những cạnh dài bằng nhau, cho thấy về mặt tánh Không hay Không tướng thì chư Phật và chúng sinh chưa giác ngộ đều như nhau.
Một vài pháp thiền Mật tông rất cao cấp, thậm chí còn quán tưởng các bộ phận trong cơ thể họ như những thành phần trong cung điện, hay quán các Bổn tôn của cung điện ở trong cơ thể của họ. Đây được gọi là “mạn đà la thân”, và điều này rất khó, vì đòi hỏi định tâm xuất sắc, và lãnh hội thấu đáo về triết lý Phật giáo.
